Orta Doğu"nun diğer ülkelerinde de görüldüğü üzere, iktidarlardaki ulusalcı partilere verilen desteğin azalması, Mısır Firavunu"nun Müslüman Kardeşleri sindirme politikası izlemesine sebep olmuştur.
Mısır'ın Tağuti Anayasası"nda birtakım değişiklikler yapılmasının altında, onlarca Müslüman Kardeşler üyesinin tutuklanması ve banka hesaplarının dondurulması gibi özellikle Nisan ayında yapılacak Şura Konseyi seçimleri öncesinde, Müslüman Kardeşlerin gücünü azaltmaya yönelik amaçlar olduğu ifade edilmektedir.
Parlamento tarafından onaylanan değişikliklerin normalde Nisan ayında referanduma sunulması planlanırken, tarih 26 Mart"a çekilmiştir. Müslüman Kardeşler, bunun esas nedeninin söz konusu değişikliklere karşı protesto gösterilerinin düzenlenmesini engellemek olduğunu söylerken, iktidardaki ulusalcı kanattan yapılan açıklamada, devlet başkanının yoğun gündemi nedeniyle referandum tarihinin erkene alındığı belirtilmiştir.
1920"lerde Hasan el-Banna tarafından kurulan ve İslamın Siyasi gücünü gösteren Müslüman Kardeşler yapılanması Mısır"daki Firavun düzenine karşı en kuvvetli ve önemli teşkilattır. 2005 seçimlerinde Müslüman Kardeşler"in bağımsız aday statüsündeki 88 üyesinin 454 kişilik parlamentoya seçilmeleri ulusalcı iktidarda endişelerin oluşmasına yol açmıştır. Hatta yapılan yorumlarda, 2006 yılında gerçekleştirilmesi gereken belediye seçimlerinin iki yıl süre ile ertelenmesinin başlıca nedeninin Müslüman Kardeşler"in bu başarısı olduğu ifade edilmiştir.
Mısır'ın Ulusalcı Lideri Hüsnü Mübarek"e göre, teşkilatın İslam'ı önde tutan yapısı, devlet güvenliği için tehdit oluşturmaktadır. Teşkilatın Firavni düzene karşı tehdit oluşturduğuna yönelik tezler Müslüman Kardeşler lideri Muhammad Mahdi"nin Terör Devleti İsrail-Lübnan savaşına Lübnanlılarla beraber savaşmak için gidecek on binlerce üyesinin olduğunu söylemesi ile daha fazla güç kazanmıştır. Ayrıca, bu ifade boyalı Mısır basınında teşkilatın silahlı güçler oluşturduğuna dair yorumların daha sık dile getirilmesine neden olmuştur. Tağuti rejimin yasalarına göre yasadışı olarak kabul edilen, bununla birlikte faaliyet göstermesi engellenemeyen Müslüman Kardeşler"e yönelik süregelen saldırılar son zamanlarda daha da artmıştır. Örneğin, son iki ay içinde hükümet karşıtı bildiriler bulundurmak ve yasadışı gruba üye olmak bahanesi ile 56 Müslüman Kardeşler üyesi tutuklanmıştır. Şu anda toplam 300 Müslüman Kardeşler üyesinin tutuklu olduğu ileri sürülmektedir. Ayrıca, teşkilatın 29 üst düzey yetkilisinin banka hesapları dondurulmuştur. Öte yandan 39 üyesi terörizm ve kara para aklama bahanesi ile Firavni düzenin askerî mahkemesinde yargılanmaktadır.
Bu gelişmelerin de etkisiyle Aralık 2006"da Devlet Başkanı Ulusalcı Mübarek, Mısır'ın Tağuti Anayasası"nın 34 maddesinin değiştirilmesini ve değişen maddelerin referanduma sunulmasını talep etmiştir. Bazı yasa önerilerinin seçim sistemini ve güç paylaşımını devlet başkanının ve hükümetin lehine değiştirmeyi amaçladığı ifade edilirken bazı değişikliklerin de Müslüman Kardeşlerin"in gücünü azaltmakla ve teşkilatın yasal siyasi partiye dönüşmesini engellemekle ilgili olduğu iddia edilmiştir. Örneğin 5. maddede yapılan değişiklikle dinî geçmişi olan, din, ırk ve cinsiyet ayrımcılığına dayanan partiler yasaklanmıştır. Böylelikle varlığını İslam'a dayandıran bir teşkilat olan Müslüman Kardeşler"in yasal bir siyasi partiye dönüşmesi engellenmeye çalışılacaktır.
Müslüman Kardeşler teşkilatının önüne engel olarak koyulmaya çalışılan bir başka değişiklik de devlet başkanlığı seçiminde aday gösterilmesi ile ilgilidir. Mısır'ın Tağuti Anayasasının 76. maddesinde yapılmak istenen değişiklikle sadece Mısır Parlamentosu"nun üst kanadı Şura Konseyi"nde ve alt kanadı Millet Meclisi"nde koltukların en az yüzde üçüne sahip olan ve aday gösterme tarihinden en az 5 yıl önce kurulan siyasi partiler devlet başkanlığı seçimine aday gösterebileceklerdir. Böylelikle söz konusu seçimlerde yasaklı bir teşkilat olan Müslüman Kardeşler"in aday göstermesi engellenmektedir; çünkü bağımsız milletvekili statüsünde seçilen üyelerin devlet başkanlığı seçimine adaylıklarını koyma imkanları ortadan kalkmış bulunmaktadır. Ayrıca Müslüman Kardeşler"in yakın gelecekte kendi başına veya diğer muhalif partilerle birleşmek suretiyle yeni bir hareket oluşturması halinde bile partinin 5 yıllık geçmişi olmadığı için aday gösteremeyecektir. Mısır'daki Ulusalcı Hükümetin öngördüğü değişiklikler, yukarıda da değinildiği gibi, seçim prosedürleri ve parlamento seçimleri ile de ilgilidir. Örneğin, 88. maddeye getirilmek istenen değişiklik ile normalde referandumları, seçimleri denetleme yetkisine sahip yargıçların görevlerinden alınarak denetleme görevinin Tağuti rejimin güvenlik görevlilerine verileceği belirtilmektedir. Bu değişiklik Tağuti rejimin güvenlik kurumlarına seçimlere karışma ve seçimleri etkileme fırsatı tanımış olmaktadır.
Diğer taraftan, yapılan bazı yorumlarda Tağuti rejimin Anayasasında yapılmak istenen bu değişikliklerin Müslüman Kardeşler"in gücünü azaltmayacağı, bilakis teşkilata verilen desteği arttıracağı belirtilmektedir. Çünkü ekonomik ve sosyal sorunlar ile toplumda İslam"a verilen önem nedeniyle Müslüman Kardeşler teşkilatı halihazırda Mısır toplumunun çoğunluğunun desteğine sahip bir yapıdır ve böyle bir yapının baskı görmesi sonucu oluşacak tepki nedeniyle taraftarlarının teşkilata daha çok destek verecekleri ifade edilmektedir. 2005 rakamlarına göre toplumun yüzde otuzu işsizdir, iç ve dış borçlar artmaktadır, nüfus 70 milyonu geçmektedir ve okuma-yazma bilmeyenlerin oranı yüzde 70"tir. Demokrasinin uygulanmasında karşılaşılan problemlerin de Müslüman Kardeşler'e verilen desteği arttıracağı öne sürülmektedir. Mısır"da sıkıyönetim Ulusalcı Enver Sedat"ın öldürüldüğü 1981 yılından beri sürmektedir. En son 2006 Mayıs"ında Tağuti rejime karşı faaliyetler öne sürülerek, sıkıyönetimin süresi 2 yıl daha uzatılmıştır.