Adı Ömer Lütfü Topal cinayetine de karışan Şahin, Susurluk skandalının önemli isimlerinden Abdullah Çatlı'nın arkadaşı olduğu ortaya çıktı. Yargılandığı Susurluk davasında 6 yıl hapis cezası alan Şahin, geçirdiği trafik kazası sonrası bilincini yitirdiği gerekçesiyle dönemin Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer tarafından cezası affedildi. 1956 yılında Tokat'ta doğan İbrahim Şahin, 1976 yılında Polis Akademisi'nden Komiser Yardımcısı rütbesiyle mezun oldu ve Sinop İl Emniyet Müdürlüğü kadrosunda göreve başladı. Askerliğini 1978 yılında Isparta Dağ Komando Okulu ve Erzurum'da yaptı. 1980 yılında Nevşehir İl Emniyet Müdürlüğü kadrosuna atandı. 1982'de buradan Bitlis İl Emniyet Müdürlüğü kadrosuna tayin oldu. Aynı yıl kurulan Özel Harekat Dairesi'ne kabul edildi.

Genel Kurmay Başkanlığı'na bağlı Özel Harp Dairesi'nde Özel Harekat Kursu nu tamamladı. 1984 yılında Almanya'da 'GSG-9 Komando Kursu'na katıldı. 1987 yılında ABD 'de 'Anti-Terör Kursu'na katıldı. 1988 yılında Siirt Emniyet Müdürlüğü Özel Harekat Şube Müdürlüğü'ne atandı. 1990 yılında da İstanbul Emniyet Müdürlüğü'nde Özel Harekat Şube Müdürü oldu. İstanbul'da çok sayıda terör operasyonunu yürüttü, "Avrasya Feribotu" operasyonunda da görev aldı. 1993 yılında Mehmet Ağar'ın Emniyet Genel Müdürlüğü döneminde vekaleten Özel Harekat Daire Başkanlığı'na getirildi. Bu yeni oluşumun ilk başkanı oldu. Balıkesir'de "Özel Tim Eğitim Okulu" nu açtı ve terörle mücadelede görev alacak özel timi oluşturdu. Susurluk skandalıyla Ömer Lütfi Topal'ın öldürülmesi olayına adı karıştı.

Susurluk'taki trafik kazasında ölen firari hükümlü Abdullah Çatlı ile yakın arkadaş olduğu ortaya çıktı. Hakkındaki adli soruşturma nedeniyle açığa alındı. Ömer Lütfi Topal'ın cinayetine karıştıkları öne sürülen özel tim polislerini koruduğu ve Tarık Ümit'in kaçırılmasına karıştığı gerekçesiyle soruşturuldu. Kendisinin de dahil olduğu 14 sanık hakkında çıkan 27 Ocak 1997 tarihli tutuklama kararından sonra firar etti. 6 Mart 1997'de Cürüm işlemek amacıyla silahlı teşekkül oluşturmak ile Hakkında yakalama ve tevkif müzekkeresi bulunan kişiyi yetkili mercilere haber vermemek suçundan 5 ile 9'ar yıl arasında ağır hapis cezası istemiyle dava açıldı. 11 Mart 1997'de teslim oldu ve yargılandı. 12 Eylül 1997' de tahliye edildi.

Dönemin DYP Genel Başkanı Tansu Çiller, Şahin'in göreve iadesini isterken, o'nu "şehit olmaktan dönmüş değerli bir polis şefi" olarak nitelendirdi ve Şahin'den özür dilenmesi gerektiğini ifade etti. Mart 1999'da Emniyet Genel Müdürlüğü'ne hibe edilen ve kaybolduğu öne sürülen silahlarla ilgili olarak İbrahim Şahin'in de aralarında bulunduğu özel harekatçılara "görevi ihmal" suçundan birer yıla kadar ağır hapis cezası istemiyle dava açıldı.

28 Mart 2000'de trafik kazası geçirerek ağır yaralandı. Sağlık durumunda düzelmenin sürdüğünü açıklayan doktorları, beyinde su toplandığını ve tedaviyi uzatmak zorunda kaldıklarını söylediler. 14 Nisan 2000'de hastanede bilincini kaybetmiş halde yattığı sırada 'görevi ihmal'den bir yıl hapis cezasına çarptırıldı. 13 Mayıs 2000'de Mehmet Ağar, hakkında çete kurduğu iddiasıyla oluşturulan TBMM Soruşturma Komisyonu üyelerine ifade verdi. Komisyon başkanı Mehmet Pak "Şahin'in ifadesini bu şartlar altında alamadık. Doktorlar 6 ay ile 2 yıl arasında hastanın tekrar hatırlamaya başlayacağını söylediler" dedi.

Susurluk davası dördüncü yılın sonunda karara bağlandı. Özel Harekat Dairesi eski Başkan Vekili Şahin, MİT eski görevlisi Korkut Eken'le birlikte 'Cürüm işlemek için çete oluşturmak ve bu çeteyi yönetmek' suçundan 6'şar yıl ağır hapis cezasına mahkum oldu. Şahin'in kısa süreli fenalık geçirdiği duruşmada, diğer 12 sanık da yine 'Cürüm işlemek için çete oluşturmak' tan 4'er yıl hapis cezasına çarptırıldı. Sanıkların tümüne yurtdışına çıkma yasağı konuldu. 'Duyma ve hafıza sorunu yaşadığı' gerekçesiyle Adli Tıp Kurumu raporu üzerine cezası ertelenen Şahin 2002'de tahliye edildi. Avukatları Şahin'in iyileşemediğini belirterek 10.Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer'e başvurdu. Sezer de başvuruyu ekindeki raporları dikkate alarak kabul etti ve Şahin'in 486 günlük cezasını affetti.