Papa'nın Almanya'ya ziyaretinde yaptığı konuşmada, İslam'ın "Cihat" kavramını eleştirerek, "Şiddet Tanrı ve ruhun doğası ile uyumlu değildir", "Hz. Muhammed İslam dinini kılıçla yaymıştır" şeklindeki açıklamalarına bir tepki de Kahire'de bulunan El Ezher İslam Araştırmaları Merkezi'nden geldi. Merkez yaptığı yazılı açıklamada "Papa 16. Benedict'in Hz. Muhammed ve İslam dini hakkında söyledikleri kesinlikle gerçeği yansıtmıyor. Bu tamamen İslam dinini ve Müslümanlar'ı haksız yere suçlamaktır. Biz Papa'yı İslam dinini kendisine ayrıntılarıyla anlatmak için buraya davet ediyoruz. Gelsin kendisine İslam dininin gerçek yüzünü gösterelim" denildi.
Vatikan'dan yapılan ikinci açıklama öncesi konuşan El Ezher Üniversitesi Profesörlerinden Dr. Ahmet Ömer Haşim, "Biz kendi tepkimizi ortaya koymak zorundayız ve öyle de yapıyoruz. Çünkü İslam dinine karşı yapılan bu haksızlık ilk değil" derken, El Ezher Camii imamı Said Tantavi ise, "Biz buradan tüm Vatikan'a ve Papa'ya seslenerek özür beklediğimizi hatırlatmak istiyoruz" demişti. Mısır Müftüsü Dr. Ali Gomaa da, "Papa'nın yaptığı talihsiz açıklamalar kendisinin İslam dini hakkında ne kadar bilinçsiz olduğunu açıkça ortaya koymaktadır" şeklinde ifade kullanmıştı.