Tarihe kara bir leke olarak geçen bu mahkemelerde hakimler kararlarından sorumlu değil ve hükümlerini vicdânî kanaatlerine göre veriyorlardı.

29 Nisan 1920'de Hiyanet-i Vataniye Kanununun kabulü ile binlerce masumu idam sehbasına çıkaran ve dar ağacında sallandıran İstiklal Mahkemeleri kuruldu. TBMM kararlarına karşı çıkanları yargılamak ve Cumhuriyet'in ilanından sonra ilke ve inkılaplara cephe alanları sorgulayıp cezalandırmak üzere Millî Mücadele sırasında kurulan İstiklal Mahkemeleri tarihe, "yüzleşilmesi gereken gerçek" olarak geçti. Tam bir kıyım makinesine dönüşen İstiklal Mahkemelerinin kararları kesin olup, temyiz yâhut itiraz yolu kapalıydı. Mahkemeler kararlarından sorumlu değil ve mahkeme üyeleri hükümlerini vicdânî kanaatlerine göre veriyorlardı. Eylül-Ekim 1920'de Ankara, Diyarbakır, Eskişehir, Isparta, Kastamonu, Konya, Pozantı ve Sivas'ta 8 ayrı İstiklâl Mahkemesi kuruldu. Bu mahkemelerin üyeliklerine Kılıç Ali Bey, Topçu İhsan (Eryavuz), Rasih Hoca (Kaplan), Muhittin Baba (Pars), Hamdi Namık (Gör), Hüsrev Sami (Kızıldoğan), Şeyh Servet Efendi, Tevfik Rüştü (Aras), Mustafa Necâti, Abdülkâdir Kemâli (Öğütçü) ve Refik Şevket gibi milletvekilleri seçildiler. Özellikle Üç Aliler olarak tanınan Kel Ali, Kılıç Ali ve Necip Ali idam kararı vermekte meşhurdular. 17 Şubat 1921'de Ankara İstiklâl Mahkemesi dışındaki mahkemelerin görevlerine son verildiyse de, 23 Temmuz'da beş ayrı bölgede İstiklâl Mahkemelerinin yeniden kurulması kararlaştırıldı. İstiklâl Mahkemelerinin bu dönemdeki çalışmaları 20 Temmuz 1922'de sona erdi.
İSTİKLAL MAHKEMESİ'NDE BİR GÜNDE 47 İDAM CEZASI
Cumhuriyet'in ilanından hemen sonra 8 Aralık 1923'te İstanbul İstiklâl Mahkemesi kuruldu. Şeyh Sait ayaklanmasının ardından 1925 Mart'ında Ankara ve Doğu Anadolu da çalışmak üzere iki İstiklâl Mahkemesi daha kuruldu. Bunlardan doğuda vazife gören İstiklâl Mahkemesinin bir günde 47 idam cezası vererek rekor kırdığı bilinmekte.
Herhangi bir bölgede kurulan İstiklal Mahkemesi, yargı çevresine yayımladığı bir beyannameyle hangi davalara bakacağını açıklıyor; valilikler veya sıkıyönetim komutanlıklarından kendi bölgelerinde bu suçlardan sanık durumunda bulunanların tutuklu olarak ve savcılıklar veya askeri makamlar tarafından hazırlanan iddianamelerle mahkemeye gönderilmelerini istiyordu. İstiklâl Mahkemelerinin ilk üç yıllık süresi içinde (1920-1923) yargıladıkları insan sayısı 60 bini buldu. Bunlardan 3 bini îdam, 2 bini kalebentlik ve kürek cezâlarına çarptırılmış, 10 bin kadarı berâat etmiş, diğerleri de para ve hapis cezâlarına çarptırılmışlardır. İstiklâl Mahkemeleri çalışmalarının bu ilk devresine ait dosyaların akıbeti meçhuldür. Bu devrede kurulan 23 İstiklâl Mahkemesinden hangilerinin dosyaları mevcut, hangilerininki kayıp bilinememekte.
İSKİLİPLİ ATIF HOCA, İSTİKLAL MAHKEMESİ'NDE YARGILANDI
İstiklâl Mahkemelerinde yargılanan bâzı kimselerin suçları kanun çıkmadan önceki dönemlere ait olduğu halde, hatta ortada hiçbir suç olmadığı halde yargılaması yapıldı. Bunlardan en çok mağdur olanın, İskilipli Atıf Hoca olduğu bilinmekte. "Frenk Mukallidliği" adlı kitabında batılılaşmayı eleştiren Atıf Hoca, kitabını yazdıktan tam 1.5 sene sonra çıkarılan "Şapka Kanunu"na muhalefetten dolayı bir kısım arkadaşıyla birlikte 26 Aralık 1925'te evinden alınarak Ankara'ya gönderildi. 26 Ocak 1926 Salı günü, İstiklâl Mahkemesi'ne sevkedilerek yargılanan ve 3 Şubat 1926 tarihinde "idamına" karar verilen İskilipli Atıf Hoca, 4 Şubat 1926 tarihinde sabah namazını edasına müteakip infaz edilerek şehit edildi.
DOSYALAR AÇILINCA TARİHLE YÜZLEŞİLECEK
Cumhuriyet'in ilanından sonra teşkil olunan İstiklâl Mahkemelerinin çalışmalarına ait dosyalar, Meclis arşivinde bulunmakta. Bu arşivlerin, tarihçilerin araştırmalarına açılması ile İstiklal Mahkemelerinin çalışmaları ve kararları hakkında daha sıhhatli bilgiler edinilebilecek ve tarihle yüzleşilecek. Bu mahkemelerin gerek kuruluş, gerekse çalışma düzenleri îtibâriyle Anayasa'ya açıkça aykırı oldukları bilinmekte. Meclis'te birçok hukukçu bulunduğu halde, mahkeme üyeliğine özellikle hukukçu olmayan kimselerin seçilmiş olması izâhı mümkün olmayan bir durum olarak tarihe geçti.