Üniversitelerde başörtüsünü serbest bırakan anayasa değişikliğine muhalefetin başını çeken Akaydın'ın, 1999 yılında ihale usulsüzlüğünden yargılandığı belirlendi. 1993-1998 yılları arasında Akdeniz Üniversitesi rektör yardımcılığı yapan Akaydın, aynı zamanda Sağlık, Kültür ve Spor Dairesi'nin ihale komisyonuna başkanlık ediyordu. Daire başkanı Cemal Öcal'ın bir ihaleyi kardeşinin şirketine verdiğinin anlaşılması üzerine, Akaydın'ın da aralarında bulunduğu kişiler hakkında ihaleye fesat karıştırmaktan dava açıldı. Antalya 1'inci Ağır Ceza Mahkemesi tarafından açılan dava sonucunda dosya YÖK Başkanlığı'na gönderildi. YÖK Denetleme Kurulu, 16 Şubat 2000'de Akaydın hakkında soruşturma açılmasına karar verdi. Başkanlığını Sait Güran'ın yaptığı komisyon 'yapılan işlemlerin üniversitenin avantajına bir durum olduğu'na hükmederek sanıkların yargılanmasına izin verilmemesini kararlaştırdı. Danıştay 2. Dairesi kendine gönderilen dosyayı suçu 'ihaleye fesat karıştırma' değil 'görevi kötüye kullanma' olarak değerlendirdi. Danıştay suçun 'Rahşan affı' kapsamına girdiğine hükmederek karar verilmesini erteledi.