İzmir'in Çeşme ilçesinde yapılan Yargı Teşkilatı Toplantısı 2009'a katılan Gerçeker, basına kapalı gerçekleştirilen ve yargının sorunlarının tartışıldığı toplantının öğle yemeği arasında gazetecilerin sorularını cevaplandırdı.

Yargının, "devletin güven ve teminatı olduğunu" ifade eden Gerçeker, "Burada büyük bir yargı ailesi olarak, başsavcı arkadaşlarımızla yargının sorunlarını dile getirmeye çalışıyoruz.Stratejik raporları tartışıyoruz" dedi.
Gerçeker, "yargının siyasallaştığı" yönünde iddialar bulunduğunun hatırlatılarak görüşünün sorulması üzerine şunları söyledi:

"Biz hiçbir zaman yargının böylesi eleştiriler ve düşüncelerle gündemde olmasını arzu etmiyoruz. Yargı toplumun teminatıdır, devletin teminatıdır. Bugün Anayasamızda üç ayrı erk kabul edilmiş. Yasama, yürütme ve yargı. Tabii bize göre yargı bunların en önemlisi. İnsanların yargıya olan güveni sarsılırsa devlet de toplum da bundan çok büyük zarar görür. Onun için herkesin bu konuda çok hassas olması gerekiyor. Yapılan yanlışlar elbette eleştirilebilir. Bunlara yol açmamak, yanlış yapmamak lazım. Bunları da çok büyük hassasiyetle değerlendirmek lazım. Bunları, yargıyı eleştirmek, yıpratmak için bir vasıta olarak görmemek lazım."

"Anıtkabir'e yapılan yürüyüşler, rektörlerin göz altına alınması bu güveni sarstı mı?" sorusuna karşılık Gerçeker şöyle dedi:

"Biz burada yargının genel sorunlarını tartışıyoruz. Her kurumda olduğu gibi yanlış yapılan bazı şeyler olabilir. Sorunların olduğu yerde, bu kadar iş yükünün olduğu yerde gösterilen çabalara rağmen bugün yargının tam istediğimiz düzeye gelmemiş olmasından kaynaklanan birtakım sorunlar olabilir. Biz el birliğiyle bunları ortadan kaldırmaya çalışıyoruz."

Kültür ve Turizm Bakanı Ertuğrul Günay'ın "Ergenekon" soruşturması kapsamında evinde arama yapılan Çağdaş Yaşamı Destekleme Derneği Başkanı Türkan Saylan için söylediği sözlerin hatırlatılması üzerine Gerçeker, "Demokratik bir ortamda, demokratik hukuk sistemi içinde herkes, her kurum her şeyi eleştirebilir. Yeter ki bu, eleştiri sınırlarında olsun, haksız isnatlarda bulunulmasın. Elbette yanlış yapılan şeyler eleştirilebilir. Bunun yanlış olup olmadığını araştırmak, soruşturmak, ondan sonra değerlendirme yapmak gerekir" dedi.