İkinci iddianamede, 12 kişi için örgüt yöneticiliği suçlaması yapılıyor. 12 kişi arasında emekli orgeneraller Şener Eruygur ve Hurşit Tolon da var. İddianamede yer alan 56 kişi arasında 12 kişi diğer suçlamaların yanı sıra Ergenekon'da örgüt liderliği suçlamasıyla yargılanacaklar.