Abdullah Gül’ün, Dışişleri Bakanı olduğu dönemde Avrupa’daki Türkiye büyükelçilerine gönderdiği kriptolar da iddianameye girdi. Gül, 16 Nisan 2003’de büyükelçiliklere iki resmi yazı gönderdi. Yazılardan birinde “Milli Görüş teşkilatı zararlı bir organizasyon değildir. Faaliyetleri büyükelçiliklerce desteklenmelidir. Organizasyonlarına gerektiğinde büyükelçiler ve diplomatlar da gitmelidir. Resmi heyet programlarına bundan sonra bu teşkilat da dahil edilmelidir” denirken ikinci yazıda Fethullah Gülen okullarınının desteklenmesi istendi. Bu okulların Milli Eğitim Bakanlığı’nca desteklendiği dile getirilen yazıda, bu okullarda görevli öğretmenlerin de yine Milli Eğitim Bakanlığı’nca atandığı vurgulandı. Gül, yazıların ortaya çıkması üzerine “Bu tip genelgeler ilk değildir” demişti.

İddianamede şu Fetullah Gülen Şekilde geçiyor:

"Laik devlet yapısını değiştirerek yerine dini kurallara dayalı bir devlet kurmak amacıyla yasadışı örgüt kurup bu amaç doğrultusunda faaliyetlerde bulunmak suçundan hakkında dava açılan Fetullah GÜLEN isimli tarikat liderinin yurt dışında kurduğu okullar bir ticari şirket olarak değerlendirilip temas ve işbirliği yapılması, Abdullah Gül’ün Dışişleri Bakanı olduğu dönemde Bakanlığın genelgesi ile Büyükelçiliklerimizden istenmiştir.
Şöyle ki;
Genelkurmay Harekat Başkanlığının Mart 2002 tarihli “PKK, DHKP/C ve İrticai Örgütlerin Avrupa’daki Faaliyetleri” adlı raporunda “demokratik yollardan devlet kademelerinde kadrolaşarak, Atatürk İlke ve Devrimlerini ortadan kaldırıp Şeriat esaslarına dayalı bir devlet kurmayı ve bunu takiben Dünya İslam birliğini gerçekleştirmeyi hedeflediği” belirtilen Fetullah GÜLEN isimli cemaat liderinin yurt dışında kurduğu ve faaliyetleri nedeni ile bulundukları ülke Devletleri tarafından Türkiye’nin uyarılmasına neden olan okullar bir ticari şirket olarak değerlendirilip temas ve ilişki kurulması, Abdullah Gül’ün başında bulunduğu Dışişleri Bakanlığının bir genelgesi ile Büyükelçiliklerimizden istenildiği,
Dışişleri Bakanlığı’nın, Büyükelçiliklere gönderdiği bir başka genelge ile de; Milli Görüş örgütlenmesinin Genelkurmay Harekat Başkanlığınca düzenlenen ve yukarıda sözü edilen raporda, “şer’i esaslara dayalı devlet düzeni kurmayı amaçladığının” belirtilmesine (Ankara 2 Nolu Devlet Güvenlik Mahkemesi’nin 1999/37 sayılı dava dosyası. Klasör no:17) ve Almanya ile imzalanan Güvenlik İşbirliği Anlaşması’nda Avrupa Milli Görüş Teşkilatı’ndan “köktenci terör örgütü” olarak söz edilmesine rağmen, bu teşkilat mensuplarının yurtdışındaki vatandaşlarımızın sorunları ve milli konularda dış temsilciliklerimizce gerçekleştirilen faaliyetlere katkıda bulundukları belirtilerek bu örgütle temas ve işbirliği kurulmasının istenildiği."