.5 yıl boyunca Ergenekon örgütü hakkında elde edilen bilgilerin ardından İstanbul Emniyet Müdürü Celalettin Cerrah, 2 gün önce Ankara'ya giderek Başbakan Erdoğan ve İçişleri Bakanı Beşir Atalay'la görüştü. Görüşmenin ardından da Başbakan operasyon için emir verdi. Başbakan, operasyon sonrası gazetecilerin soruları üzerine, "Devlet görevini yapıyor, çalışıyor" demekle yetindi. Londra'da bulunan Genelkurmay Başkanı Org. Yaşar Büyükanıt ise soruları yanıtlamadı.
Ümraniye'deki el bombaları ilk ipucuydu
Bombalar, Danıştay saldırısındaki kilit isim emekli yüzbaşı Tekin'e yakın isimlerden emekli astsubay Yıldırım'ındı..

POLİS Ümraniye'de bir gecekonduya 12 Haziran 2007'de düzenlediği baskında 27 adet el bombası buldu. Daha sonra Cumhuriyet gazetesine düzenlenen bombalı saldırıda kullanılan bombalarla aynı özellikte oldukları belirlenen bombaların bulunduğu gecekondunun sahibi Mehmet Demirtaş ile yeğeni Ali Yiğit gözaltına alındı. İkilinin verdiği bilgiler doğrultusunda da bombaların emekli astsubay Oktay Yıldırım'ın olduğu ortaya çıktı. Bombaları Hasdal Kışlası'nın yanındaki bir çöplükten topladığını söyleyen Yıldırım tutuklanarak cezaevine konuldu. Soruşturma genişletilirken emekli albay Muzaffer Tekin, Oktay Yıldırım için "Oktay, iyi çocuktur. O bombalar hurdadır, patlamaz bile" demişti.

İKİNCİ OPERASYON
Tekin, kendisine yakınlığıyla bilinen emekli başçavuş Mahmut Öztürk ile 16 Haziran'da gözaltına alındı. İkili 'suç örgütü üyesi olmak ve suça karışmak' suçlarından tutuklandı. 25 Haziran 2007 tarihinde Muzaffer Tekin'in ismini verdiği emekli binbaşı Fikret Emek ile bağlantılı Ankara ve Eskişehir'deki üç ayrı eve baskın düzenlendi. Bombaların bulunmasının ardından operasyonu genişleten polis, Tekin'in yakın arkadaşı olduğu belirtilen emekli binbaşı Fikret Emek'in annesinin Eskişehir'deki evini izlemeye aldı. Emek ziyarete gelince de operasyon için düğmeye bastı. İstanbul ve Eskişehir polisinin ortaklaşa düzenlediği baskında evde divan altından 10 kilo C3, TNT kalıpları, Kanas tüfek ve dürbünü, kalaşnikof, 12 el bombası, 2 bıçak, 1 gaz bombası, tahrip kalıpları, saniyeli fitiller, 1 tabanca, tabancaya ait susturucu, demir muşta ve dizüstü bilgisayarın yanı sıra gizli belge ve bazı dokümanlar ile bilgisayar kayıtları ele geçirildi. Emek, gözaltına alındı. Üçüncü dalga' olarak adlandırılan operasyon ise önceki gece örgütün üst düzeyine yönelik olarak yapıldı ve 33 kişi gözaltına alındı.
Derin çetenin karıştığı büyük olaylar
1 Ermeni gazeteci Dink'in öldürülmesi
Hrant Dink 19 Ocak 2007 tarihinde öldürüldü. Katili hemen yakalandı ancak cinayetin organize olduğu ortaya çıktı.

2 Cumhuriyet'e 3 kez bombalı saldırı
Cumhuriyet gazetesine 5, 10 ve 11 Mayıs 2007 tarihlerinde saldırı düzenlendi. Saldırıyı yapan Danıştay zanlısı Arslan'dı.

3 Trabzon'da İtalyan rahip öldürüldü
Santa Maria Katolik Kilisesi'nin rahibi Andrea Santoro 5 Şubat 2006'da öldürüldü. 16 yaşındaki zanlı O.A. yakalandı.

4 Danıştay 2'nci Dairesi'ne baskın
17 Mayıs 2006'da Danıştay'ı basıp bir hâkimi öldürdü 4'ünü yaraladı. Muzaffer Tekin'le bağlantısı olduğu ortaya çıktı.
Yine Emniyet yetkilileri örgütün halen Amerika'da olan Fethullah Gülen'e 2 kez suikast girişiminde bulunduğunun belirlendiğini söylediler. Emniyet yetkililerinin teknik takiple tespit edildiğini ifade ettikleri suikastlardan ilki iddiaya göre Türkiye'de gerçekleştirilmek istendi. İstihbarat birimlerinin girişimleriyle suikast son anda önlendi. Örgüt ikinci suikastı ise Amerika'da yapmayı planladı. Bu yönde örgüt, suikast için görevlendirdiği adamlarını Amerika'ya gönderdi. Ancak bu suikast da gerçekleştirilemedi. Örgütün, Türkiye genelinde gerçekleşen pek çok siyasi faili meçhul olayın ardında olabileceği ileri sürüldü. Polis, şimdi örgütün bu faili meçhul cinayetlerle bağlantılarını araştırıyor.