Protokollerin imzalanmasının ardından Azerbaycan'daki Türk Bayrakları'nın indirilmesi nedeniyle Türkiye Azerbaycan'a nota verdi. Türkiye'nin Azerbaycan Büyükelçiliği tarafından Azeri Dışişleri Bakanlığı'na verilen notada,Türk Büyükelçiliği'ne ait Din Müşavirliği binasının önünde bulunan bayrağında indirildiği anımsatıldı. Azerbaycan ayrıca 1918 yılında Bakü'yü Ermeni-Bolşevik işgalinden kurtarırken şehit düşen Türk askerleri anıtındaki Türk bayraklarını da indirmişti. Türk Büyükelçiliği aracılığı ile ulaştırılan notada "Bayrağın indirildiği bina büyükelçiliğin bir parçası olarak görev yapan müşavirliğe aittir. Viyana Sözleşmesi'ne göre bayrak çekmesi doğal hakkıdır" denildi.