Ergenekon'un yöneticisi olmakla suçlanan eski YÖK Başkanı Prof. Dr. Kemal Gürüz'ün eski Uludağ Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Mustafa Yurtkuran'la yaptığı görüşmelerde çarpıcı detaylar yer alıyor. Üniversitelerin yönetimlerinden YÖK üyeliklerine pek çok göreve kendisine yakın isimleri getiren Gürüz, örgüt üyelerinin en yakınlarına bile acımayacağını belirtiyor.

Yurtkuran'a eski Çalışma Bakanı Faruk Çelik'le görüştüğü için sert eleştiriler yöneltiyor. Yurtkuran'ın "Çocukluk arkadaşım" şeklindeki itirazını da kabul etmiyor. Rektöre Atatürk'ün yakın arkadaşlarını astığını anlatıyor. Ardından ilginç bir tehditte bulunuyor: "Ya kardeşini kesmiş adam ya bunun şakası yok abicim."

Ergenekon davasının 3. iddianamesine yansıyan 22 Mayıs 2008 tarihli Kemal Gürüz ve Mustafa Yurtkuran görüşmesi özetle şöyle:

K. GÜRÜZ: Yalnız bu i...neyi masanıza almayacaktınız.

M. YURTKURAN: İşte alındı, ne yapayım?

K. GÜRÜZ: Bak bana sen Allah mısın diyor.

M. YURTKURAN: Dur ağabeycim.

K. GÜRÜZ: O ikisini...

M. YURTKURAN: Hepsini halledeceğiz.

K. GÜRÜZ: Benden söylemesi. Ben bir ay yokum gidiyorum, ne yaparsanız yapın. Ama sana buyruğum; bunlarla çok temas ettin. Mustafa. F. Çelik'le. Adam mı lan F. Çelik?... adam yerine koyup... ya bilmez miydim ya iyi geçinmeyi bunlarla.

M. YURTKURAN: Faruk... çocukluk arkadaşım abi ya.

K. GÜRÜZ: Ne o...

M. YURTKURAN: Başkasıyla ilişkim oldu mu benim?

K. GÜRÜZ: Ya kardeşini kardeşini kesmiş adam ya. Bunun şakası yok abicim.

M. YURTKURAN: Kim kardeşini kesmiş?

K. GÜRÜZ: Padişah.

M. YURTKURAN: He he he tabi tabi canım...

K. GÜRÜZ: Atatürk arkadaşlarını asmış...

M. YURTKURAN: Devlet işi bu, doğru, onda haklısın.

K. GÜRÜZ: Devlet işinin şeyi olur mu ya?

M. YURTKURAN: Onda haklısın.

K. GÜRÜZ: Bu binbir emekle bu üniversiteler kuruldu, şey yapıldı.

YÖK başkanlığını yürüttüğü dönemde Ankara'da düzenlenen mitinglerde, 'Ordu göreve' pankartları altında yürüyen Prof. Dr. Kemal Gürüz, iddianamede 'silahlı terör örgütü kurmak veya yönetmek, devletin güvenliğine ilişkin gizli belgeleri temin etmek'le suçlanıyor. İddianamede Gürüz'ün 18,5 ile 35,5 yıl arasında hapis cezasına çarptırılması talep ediliyor.

6 bin Agos abonesi örgütün takibinde
Ermeni ve Alevi liderlere yönelik suikastlar planlayan Ergenekon üyelerinin, azınlıklara ilişkin çok sayıda fişleme yaptığı belirlendi. Ermenilerle ilgili çalışmalar yapan sanık Fatma Cengiz, haftalık yayın yapan Agos Gazetesi'nin tüm abonelerini fişlemiş. Kınalı, Burgaz, Büyükada ve Heybeliada'da toplam 187 abone ve 2 bayi tespit eden Cengiz, Hrant Dink'in eşi Rakel Dink'in Kınalıada'daki adresini de kaydetmiş.

'Ermeni Dostları' isimli klasörde, Bilgi Üniversitesi'ndeki konferansa katılan 62 kişi, 'Özür Dileyenler' isimli klasörde 300 kişi, Ermeni sorunu konusunda özgürlükçü yaklaşım içinde olan pek çok yazar ve aydının ismi yer alıyor. Fişlemelerden Ermeni kiliseleri ve vakıfları da nasibini aldı. İbrahim Şahin'den elde edilen, tedhiş planı (Mutafyan) başlıklı belgede, eylem hücresinde Fatma Cengiz'in ismi yer alıyor. Şahin'in 'Asena' kod isimli Cengiz'e, "Şu 300 imzalı 'Ermeni soykırımı tanınsın' diyen Ermenileri tespit işini unutma." şeklinde mesaj çektiği belirtiliyor. Bir başka mesajda ise Şahin, kendi yaptıkları fişlemeyle yetinmiyor, bu işi yapacak yeni elemanların yetiştirilmesini istiyor. Şahin, "7 üsteğmen 5 tane teğmen var, bu sefer bizden sonra devam edecek ekip yetiştirelim." diyor.

Agos Gazetesi Genel Yayın Yönetmeni Hrant Dink, 19 Ocak 2007'de kafasından vurularak öldürüldü. Dink'in avukatı Fethiye Çetin, Dink'in öldürülmeden önce Ergenekon sanıklarından Veli Küçük tarafından defalarca tehdit edildiğini ileri sürdü.