Bush yönetimi döneminde zanlılar üzerinde Waterboarding gibi işkenceler yaptığını kabul eden CIA'de yeni bir skandal daha patlak verdi. Anayasa gereği tüm istihbarat faaliyetlerini ilgili Kongre komisyonlarına bildirmeye mecbur olan CIA'in sekiz yıldır yürüttüğü özel bir terörle mücadele programını Kongre'den sakladığı ortaya çıktı.
Detayları açıklanmayan programı gizli tutma emrini ise bizzat eski başkan yardımcısı Dick Cheney'nin verdiği belirtildi. Gizli yürütülen programı 23 Haziran'da öğrenen CIA Başkanı Leon Panetta derhal faaliyetleri durdurma kararı aldı. Olayın ortaya çıkmasının ardından ABD basınında "derin devlet CIA'yı ele geçirmiş" yorumları yapıldı.