Milli Eğitim Bakanlığı Din Öğretimi Genel Müdürlüğü ile Türkiye Gençlik Vakfı (TÜGVA) arasında imzalanan protokol Danıştay'a takıldı. Eğitim Sen'in başvurusu üzerine protokolün imam hatip liseleri dışındaki tüm eğitim kurumlarında yürütmesi durduruldu. Protokol, 'değerler eğitimi' ve 'öğrenci klüpleri' konusunda TÜGVA ile bakanlık arasında işbirliği yapılmasını öngörüyordu.

Eğitim Sen, Ortaokul ve liselerde Medeniyet ve Düşünce Kulübü’nün kurulması ve danışman hoca atanmasını öngören 26 Mart 2019 tarihli işlemi ile bu işlemin dayanağı olan protokolün iptali ve yürütmesinin durdurulması talebiyle dava açtı. Danıştay 8. Hukuk Dairesi bu itiraz sonucu protokolün imam hatip liseleri dışındaki tüm eğitim kurumlarında yürütmesini durdurdu.