28 Şubat döneminde daha 14 yaşındayken katıldığı bir eylemden dolayı tutuklanmış ve 10 yıl hapis yatmıştı. Kamuoyu, Yakup Köse'yi 28 Şubat döneminde tanıdı. Daha 14 yaşında, imam hatip lisesinde ortaokul öğrencisiyken, 1996'da tutuklanarak cezaevine konuldu. İBDA-C üyesi olduğu iddiasıyla 18 yıl 8 ay hapis cezasına çarptırıldı. Yaklaşık 10 yıl hapis cezası yattıktan tahliye oldu. Ancak cezaevindeyken, yapılan "Noel Baba" operasyonu sırasında, görevlilere direndiği iddiasıyla yeniden yargılandı. Aldığı 7 yıl hapis cezası geçtiğimiz yıl aralık ayında Yargıtay tarafından onandı. Yargıtay'ın onama kararından sonra Köse hakkında yakalama kararı çıkarılmıştı.