İkinci iddianameden faili meçhul cinayetler de çıktı. 33 askerin öldürülmesinden Gazi olaylarına uzanan kirli ilişkilerin yanında örgütün siyasi partiler üzerindeki hesapları da iddianamede mevcut.
Ergenekon ikinci iddianamesinde Anayasa Mahkemesi Başkanvekili Osman Paksüt'ün eşi Ferda Paksüt de sanık olarak yer alıyor. "Örgüt içindeki hiyerarşik yapıya dahil olmamakla birlikte, örgüte bilerek ve isteyerek yardım eden kişi, örgüt üyesi olarak cezalandırılır" maddesinden yargılanması istenen Paksüt, 7,5 yıldan 15 yıla kadar hapis cezasıyla hakim karşına çıkacak.
İddianamede eski AKP Milletvekili sanık Turan Çömez'in örgütün amacı doğrultusunda, Ergenekon'un siyasi partileri bölüp parçalama veya farklı partilerin tek merkezden yönetilmesi amacı kapsamında özellikle kapatma davası sürecinde sanık Ferda Paksüt ile irtibata geçerek ondan aldığı gizli ve stratejik bilgileri, örgütün yöneticilerine ulaştırarak kamuoyunu yönlendirmeye çalıştıkları, aynı zamanda örgütün stratejisine uygun olarak partiyi bölüp etkisiz ve yürütme yetkisini kullanamayacak hale getirmeye hedefledikleri belirtildi.