Doç. Dr. Emin Gürses, Ergenekon soruşturması kapsamında hazırlanan birinci iddianamede, TSK'nın Ergenekon Terör Örgütü'nün merkezi olduğunun yer aldığını iddia ederek, "TSK ve Genelkurmay Başkanlığı'nda görevli savcılardan hiçbiri bu duruma tepki göstermemiştir. TSK dilekçe yazamıyor. Bu ordu bitmiştir" dedi.
Emin Gürses, Ergenekon ve Danıştay davasının birleştirilmesi için verilen arada sanık yakınlarına ilginç açıklamada bulundu. Gürses, 'İktidar ve Toplumla Mücadele' planının altında imzası bulunan Albay Dursun Çiçek'in dosyasının Yüksek Askeri Şura'da görüşüleceğini hatırlatarak, "Bu ordu, Hurşit Tolon'un dediği gibi kendi generalini teslim etmiştir. Dursun Çiçek olayında olduğu gibi kendi albayını sorgulayamamıştır. Bu saatten sonra hangi albay savaşacaktır?" iddiasında bulundu.