Ergenekon iddianamesinin Karargâhevleri bölümünde "ekip kavgası" yaşandığı belirtildi. Zanlılardan Türk Silahlı Kuvvetleri (TSK) mensubu Hava Albay Cengiz Köylü'nün, örgütün talimatları doğrultusunda Hava Harp Okulu'na öğrenci yerleştirilmesinden sorumlu olduğu iddia edildi
İddianamede, özellikle MİT'in hazırladığı belgelere göre Köylü'nün "ara yönetici" konumunda olduğu belirtildi. Köylü'nün Hava Harp Okulu öğrencilerinden sorumlu olduğu ve Harp Akademileri Komutanlığı'ndaki faaliyetlerine devam ettiği öne sürüldü.
Köylü'nün diğer zanlılarda olduğu gibi telefon görüşmelerinde gizliliğe azami özen gösterdiği belirtilen iddianamede, "Özellikle örgüt üyeleri ile telefon görüşmesi yapmaktan kaçındığı, telefon görüşmelerinin incelenmesinde kendisiyle birlikte hareket eden ekibin, başka bir ekip tarafından silindiği ve yok edilmeye çalışıldığını belirttiği, Karargâhevleri yapılanmasını kendi ekibi olarak nitelendirdiği anlaşıldı" denildi.
Köylü'nün 6 Mayıs 2008'de komutanı olduğu anlaşılan X şahısla yaptığı bir telefon görüşmesinde, kendisinin önünün Bahadır albay tarafından kesildiğini söylediği belirlendi. Ekip kavgası yaşanmasına delil olarak gösterilen bu konuşmada, x şahsın da "O.. çocuğu, o adam vurulacak adam" dediği, Köylü'nün "O Amerikan kursunda önümün kesilmesinde Bahadır albay vardı" dediği kayıtlara girdi.