13. Ağır Ceza Mahkemesi'nin açıklamasının ardından Hakimler ve Savcılar Yüksek Kurulu (HSYK) tarafından hemen açıklama yapıldı. 

HSYK'dan yapılan açıklamada (Anayasa'ya göre mahkeme kurma ve kaldırma yetkisi TBMM'dedir" denildi. Yapılan açıklamada, Anayasa'nın 142. maddesi hatırlatılarak, 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nin yetki gaspı yaptığını belirtildi. 

13. Ağır Ceza Mahkemesi yaptığı açıklamada, Özel Yetkili Mahkemeleri kaldırma yetkisinin TBMM'nin değil HSYK'nın görevi olduğunu açıklamış ve Ergenekon sanıklarının tahliye talebini reddetmişti.